Более 60 % исследований по прорывным направлениям осуществляется на основе международного сотрудничества и с привлечением ведущих российских и иностранных ученых из ведущих научно-образовательных центров мира. При этом упор сделан на взаимодействие с зарубежными вузами — членами ассоциации университетов Азиатско-Тихоокеанского региона (APRU) и институтами Дальневосточного отделения российской академии наук (ДВО РАН), такими как Тихоокеанский институт биоорганической химии, Институт биологии моря, Тихоокеанский океанологический институт, Институт автоматики и процессов управления, Институт химии, Биолого-почвенный институт, Институт прикладной математики, Институт истории, археологии и этнографии народов Дальнего Востока и Дальневосточный геологический институт.

Одним из ключевых элементов целевой модели ДВФУ на рынке исследований должна стать конкурентная среда научно исследовательской деятельности, поддерживающая исследования и разработки только мирового уровня. Соответственно ведется системный мониторинг и экспертиза качества научных исследований и в зависимости от востребованности и научной продуктивности происходит обновление «линейки» научных направлений, научно-образовательных центров и научных лабораторий. Оценка результативности научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ ведется по двум основным критериям: научно-значимым публикациям и объему привлеченных средств.

Устойчивое финансирование научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ университета обеспечивают стратегические партнеры, такие как ОАО «НК «Роснефть»¸ «Газпром», «Русгидро», «Объединенная судостроительная компания», госкорпорация «Росатом», Исследовательский институт химического развития ЦВТ «ХимРар», НИЦ «Курчатовский институт, Объединенный институт ядерных исследований и другие.