Фонды формировались в основном из частных коллекций. В свое время большое количество редких изданий преподаватели Восточного института и Государственного дальневосточного университета (ГДУ) передали из личных собраний в дар библиотеке университета. Значительное количество редких изданий привозилось из многочисленных командировок преподавателями и студентами. Но в силу различных обстоятельств часть фонда была распределена или утрачена.
После восстановления университета его библиотека была пополнена книгами и журналами XVI – начала XX века из фондов Московского и Санкт-Петербургского университетов. В библиотеке ДВГУ был организован отдел редкой книги, который составил основу коллекции современного музея. При формировании музея все книги прошли фумигацию, что позволило приостановить развитие грибковых заболеваний книг. Коллекции были размещены в хранилищах, в которых созданы условия для хранения книг — музейных экспонатов.
В музее также проводятся интересные выставки, уроки для школьников по школьным программам. Сотрудники музея публикуют материалы по изучению книг в средствах массовой информации по:
Музей редкой книги — это не только экспозиция, но и читальный зал для преподавателей, научных работников, дипломников, аспирантов и докторантов. Сотрудники музея редкой книги выявляют, исследуют, обобщают материалы памятников книжной культуры, хранящихся в фондах музея.