Евгений Константинович является ведущим ученым Дальнего Востока по прикладной сейсмологии и оценке динамики инженерных сооружений. Главное направление его научно-исследовательской работы - проведение натурных экспериментальных исследований и анализ их результатов с использованием современных компьютерных технологий. Им выполнены работы по моделированию землетрясений короткозамедленными взрывами, оптимизации параметров систем «массовый взрыв – комплекс охраняемых сооружений», разработаны методика динамической калибровки зданий и гибридная модель систем, содержащих неопределенные элементы, проведены экспериментальные оценки динамики и вибрации инженерных сооружений от промышленных и технологических динамических воздействий, разработана инженерная система сейсмической зашиты сооружений от динамических воздействий. Предложенные решения показали положительные результаты применения в практике строительства на Дальнем Востоке.
Профессор Е.К. Борисов имеет многолетний опыт работы в высшей школе, ведет для магистров курсы «Динамика сооружений», «Динамика сред и конструкций», «Оптимизация конструкций».